Usando el programa pdftk:

    $ pdftk archivo-1.pdf archivo-2.pdf [archivo-n.pdf] cat output archivo-final.pdf

Debemos tener instalado el paquete "imagemagick".

Para unir varias imágenes en un único documento PDF basta con que las vayamos añadiendo separadas por un espacio con el siguiente comando:

    $ convert imagen1.jpg imagen2.jpg documentoresultante.pdf

Así obtendríamos un documento PDF llamado "documentoresultante.pdf" que contendría ambas imágenes.

NOTA: Sirve tanto para imágenes JPG, como PNG, etc.