Para superponer una imagen sobre otra en ImageMagick tenemos el comando composite que, en su uso más básico se utiliza:
composite $imagensuperior $imageninferior $imagendestino

Veamos una prueba sencilla:


convert -size 50x50 xc:blue cuadroazul.png

convert -size 100x50 xc:red fondorojo.png


Con estos comandos hemos creado dos imágenes: una, llamada fondorojo.png que 100x50 pixeles y otra de mitad de tamaño, 50x50 llamada cuadroazul.png. Y para superponerlas, escribiremos:
composite cuadroazul.png fondorojo.png montajeazulsobrerojo.png